উদ্ভিদবিজ্ঞান বিভাগ মেহেরপুর সরকারি কলেজের একটি ঐতিহ্যবাহী বিভাগ। ১৯৬২ সালে মেহেরপুর সরকারি কলেজ প্রতিষ্ঠাকালীন সময় হতে উচ্চ মাধ্যমিক পর্যায়ে বিজ্ঞান বিভাগের সাথে উদ্ভিদবিজ্ঞান জীববিজ্ঞান বিষয়ের পার্ট-১ পত্র হিসেবে খোলা হয়। শুরুর দিকে একাদশ ও দ্বাদশ শ্রেণীতে বিষয়টি পাঠদান করা হলেও পরবর্তীতে ১৯৬৭ সালে এই কলেজে স্নাতক কোর্স পাঠদানের অনুমতি পাওয়া গেলে উদ্ভিদবিজ্ঞান বিভাগ পূর্ণাঙ্গ অবয়বে আত্মপ্রকাশ করে।

বর্তমানে পুরাতন একাডেমিক ভবনের নীচ তলায় উদ্ভিদ বিজ্ঞান বিভাগ অবস্থিত। বিভাগে বর্তমানে কর্মরত শিক্ষক সংখ্যা ০২ জন ও সহায়ক স্টাফ ০১ জন। বিভাগে উচ্চ মাধ্যমিক ও স্নাতক পর্যায়ে মোট শিক্ষার্থীর সংখ্যা ৩০০ জন। আধুনিক সরঞ্জাম সম্বলিত সমৃদ্ধশালী গবেষণাগার রয়েছে। এখনো স্নাতক সম্মান ও স্নাতকোত্তর কোর্স খোলা হয়নি। স্নাতক সম্মান ও স্নাতকোত্তর কোর্স চালুর বিষয়টি প্রক্রিয়াধীন আছে।
অত্র বিভাগের শিক্ষা কার্যক্রম প্রথিতযশা শিক্ষকমন্ডলী দ্বারা পরিচালিত হয়ে আসছে। এই বিভাগের শিক্ষকদ্বয় তত্ত্বীয় ও ব্যবহারিক পাঠদানে নিবেদিত প্রাণ। প্রতিষ্ঠাকালীন সময় থেকে এই বিভাগ জাতীয়/ স্থানীয় পর্যায়ে জাতীয় বিজ্ঞান সপ্তাহ ও জাতীয় বিজ্ঞান মেলা উদ্যাপনে শিক্ষার্থীদেরকে সর্বাত্বক সহায়তা করে আসছে। দক্ষতার সহিত এই বিভাগের শিক্ষকদ্বয় সৃজনশীল প্রশ্ন প্রণয়ন ও খাতা মূল্যায়ন করে থাকে। এছাড়া এই বিভাগ শিক্ষকদ্বয় অধ্যক্ষ মহোদয় কর্তৃক প্রদত্ত দায়িত্ব যথাযথভাবে সুনামের সহিত পালন করে চলেছে।